EM菌原液滲入水體后，其群體作用能殺死或抑制病原微生物和有害物質，調整養(yǎng)殖生態(tài)環(huán)境，增加水中溶氧量（氧氣），促進養(yǎng)殖生態(tài)系中的正常菌群和有益藻類活化生長，保持養(yǎng)殖水體的生太平衡；拌入餌料投喂，直接增強魚類的吸收功能和防病抗逆能力，促進健壯生長。EM菌原液中的光合菌還能利用水中的硫化氫、有機酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用中去除水中的亞硝酸銨，因而能使養(yǎng)殖池中的排泄物和殘餌污染得到凈化，改善水質，減少魚病。主要作用為：
     1、減少病原微生物和不良藻類、明顯增強養(yǎng)殖對象的免疫力和抗病性，降低發(fā)病率，提高成活率。用戶反映，EM菌原液可使蟹苗成活率提高近一倍，中華石斑魚的成活率由原來的30%提高到70%以上。
     2、增加有益微生物數量。水面浮游動物、有益藻類增多，特別是紅蟲不斷增多至布滿水面。
     3、穩(wěn)定和改善水質，水體顏色清爽，不臭不腐，無硫化氫、氨氣等異味，能見度在25－50cm的時間長且較穩(wěn)定，換水時間可延長2倍以上。
     4、魚蝦糞、池底雜質和下腳料不會變成淤泥而呈散沙狀。
     5、促進生長，增重率明顯提高。實踐證明，在同等環(huán)境下，用EM菌原液后，可提前10－15天上市，平均畝產提高20%－35%，產卵量增加25%，產卵時間延長。有的試驗表明，常溫新鱉池用EM菌原液后，產卵時間延長近70天，且孵化率較好，餌料不臭，改善了養(yǎng)殖環(huán)境。北京郊區(qū)某漁場在魚苗試驗中，試驗組魚苗體重為對照組的兩倍，廈門某學院在小面積對蝦養(yǎng)殖試驗中，體重增重率達166.7%。