微生物直接或間接地效果于水產(chǎn)飼養(yǎng)目標和飼養(yǎng)環(huán)境，極好地分化飼養(yǎng)生物排泄物、殘餌以及浮游植物殘體等有機物，一起微生物鏈在水質(zhì)凈化中經(jīng)過氧化、復(fù)原、光合、同化和異化效果把有機物改變?yōu)楹喡缘幕衔?，確保水質(zhì)的正常功用，然后堅持飼養(yǎng)環(huán)境生態(tài)系統(tǒng)中飼養(yǎng)生物、病原、水質(zhì)間的平衡。1微生物在碳循環(huán)中的效果微生物參與碳循環(huán)的轉(zhuǎn)化，主要是經(jīng)過它們對各種含碳化合物，特別是含碳無氮有機物的效果而進行，其主要是多見的發(fā)酵和氧化效果。水環(huán)境表層有氧區(qū)氧化效果，底層無氧區(qū)無氧發(fā)酵效果使含碳物質(zhì)轉(zhuǎn)化為二氧化碳供植物光合效果使用。2微生物在氮循環(huán)中的效果飼養(yǎng)水體中的氮能推進或約束水產(chǎn)飼養(yǎng)生態(tài)系統(tǒng)中物質(zhì)能量的轉(zhuǎn)化，也是浮游植物成長約束性營養(yǎng)元素之一。

微生物在氮循環(huán)中的效果：

　　①氨化效果含氮有機物經(jīng)微生物分化而產(chǎn)氨的進程。氨化微生物很多，包含細菌、放線菌和真菌等。

　?、谙趸Ч窗苯?jīng)過亞硝酸的中心期間而氧化為硝酸的進程。硝化細菌等。

　?、鄯聪趸Ч聪跛猁}復(fù)原為較簡略的氮化物的進程。反硝化細菌等菌種。

　?、芄痰Ч幢阌坞x分子氮活化而構(gòu)成氮化物的效果。飼養(yǎng)水體中的某些微生物具有一些特別的酶系統(tǒng)，能把通常生物不能使用的氮轉(zhuǎn)化為生物能使用的化合物方式，很多放線菌、真菌和藻類具有這種功用。固氮菌等。3微生物在磷循環(huán)中的效果磷作為浮游植物成長的約束性營養(yǎng)元素，其對水體初級生產(chǎn)力的約束效果往往比氮更強。磷以3種方式存在于飼養(yǎng)環(huán)境中：溶解無機磷、溶解有機磷和顆粒磷，3種方式的轉(zhuǎn)化在微生物的效果下構(gòu)成磷的一個重要的雜亂動態(tài)循環(huán)。解磷菌。4微生物在硫循環(huán)中的效果硫以3種方式存在于飼養(yǎng)環(huán)境中：氧化態(tài)-II（硫化物、硫化氫等），氧化態(tài)，氧化態(tài)+硫酸鹽。很多微生物可用硫酸鹽作為硫的僅有來歷，以氧化態(tài)把它改變變成有機的硫氫基化合物。

　　微生物在水產(chǎn)飼養(yǎng)水環(huán)境的修正中，碳循環(huán)中微生物分化有機物釋放二氧化碳，經(jīng)植物的光合效果組成雜亂的有機物，為底棲動物、魚蝦蟹類供給和多糖類物質(zhì)；氮循環(huán)中微生物經(jīng)過氨化效果、硝化效果、反硝化效果和固氮效果把含氮物質(zhì)變?yōu)橛袡C氮，為水產(chǎn)飼養(yǎng)供給餌料和肥料等蛋白質(zhì)物質(zhì)，生成硝酸鹽為藻類所使用，然后下降水體中的氨氣、氨氮與亞硝酸氮，起到了凈化效果；磷循環(huán)中微生物使水中的溶解態(tài)的磷被懸浮顆粒吸咐構(gòu)成顆粒態(tài)磷，經(jīng)凝絮效果轉(zhuǎn)為沉淀，有效地下降了水體的磷元素，一起也為動物供給了其需求的磷元素；硫循環(huán)中在微生物的效果下發(fā)作硫酸鹽和硫化氫等，其間硫化氫對很多需氧微生物有毒效果，一起硫化氫與金屬生成沉淀，下降了有害的硫化氫，硫酸鹽可為動物供給需求的含硫氨基酸等。

　　因此，微生物在碳、氮、磷、硫循環(huán)中都起了非常重要的效果，它能夠推進四大元素在生態(tài)鏈中轉(zhuǎn)化，堅持了水產(chǎn)飼養(yǎng)環(huán)境的動態(tài)平衡，然后按捺有害生物，構(gòu)成有利微生物菌群，分化有機物，消除有害物質(zhì)（NH3、H2S、過量的N、P等），有效地凈化了水質(zhì)，減少水產(chǎn)飼養(yǎng)動物疾病的發(fā)作，進步其成活率，推進飼養(yǎng)動物的成長。