1、有選擇地使用，增強針對性：

　　微生態(tài)制劑種類很多，但功效不同，如糞鏈球菌在消化道內(nèi)生長速度最快，且還能分泌大腸桿菌干擾素，所以該制劑防止腹瀉效果最好。而芽孢桿菌在腸道中不能繁殖，治療腹瀉效果差，使用微生態(tài)制劑應(yīng)具有目的性。一般來說，要進行疾病預(yù)防，應(yīng)選用乳酸菌、雙歧桿菌等產(chǎn)乳酸類制劑；要達(dá)到促進動物生長、提高飼料利用率的目的，可選用芽孢桿菌、乳酸桿菌、酵母菌等制劑；要改善養(yǎng)殖環(huán)境，應(yīng)選用光合細(xì)菌、硝化細(xì)菌、芽孢桿菌等制劑。

　　2、使用復(fù)合制劑和固態(tài)制劑：

　　單一菌種制劑使用方便，生產(chǎn)容易，但其作用有限，實際上利用微生物制劑進行健康養(yǎng)殖，往往追求其改良水質(zhì)、調(diào)節(jié)菌群、提高飼料利用率、促生長、抗病等多方面的作用，這些作用使用單一菌株是無法完成的，使用高質(zhì)量的符合型制劑才能達(dá)到上述目的。

　　3、使用微生態(tài)制劑應(yīng)具有足夠的濃度，且要持續(xù)使用才能起到較好的效果：

　　微生態(tài)制劑的作用主要是通過和其他微生物的競爭性抑制來實現(xiàn)的，只有當(dāng)有益微生物菌在適宜的環(huán)境中形成優(yōu)勢菌群后，才能有效抑制有害微生物的生長繁殖，因此，首次使用和換墊料使用量一定要足并堅持長期連續(xù)使用，才能達(dá)到最佳效果。但微生態(tài)制劑并不是使用劑量越大越好，用作免疫增強劑的微生態(tài)制劑在飼料中添加量不宜大，可以少量添加、持續(xù)使用。

　　4、使用微生態(tài)制劑應(yīng)考慮環(huán)境條件：

　　微生態(tài)制劑中微生物細(xì)菌需要一定的環(huán)境條件生長和繁殖，因此，應(yīng)根據(jù)各種微生態(tài)制劑的生態(tài)特征使用。例如光合細(xì)菌要有一定的光照、濕度和溫度才能生長和繁殖，因此在陰天、雨天、夜里不能使用光合細(xì)菌，應(yīng)在晴天使用。

　　5、根據(jù)養(yǎng)殖對象的生理階段科學(xué)使用微生態(tài)制劑：

　　使用微生態(tài)制劑要早，尤其是腸道微生物，宜在幼齡動物使用，此時動物生長快，腸道中的微生物種類和數(shù)量較少，使用微生態(tài)制劑容易定植形成優(yōu)勢菌群，一直病原菌的生長和繁殖，減少病害發(fā)生率。

　　6、不能與抗菌素等同時使用：

　　微生態(tài)制劑不能和抗生素、消毒劑以及具有抗菌作用的中草藥等同時使用，否則，活菌會被殺死或一直，減弱或是去微生態(tài)制劑的作用。因此在使用微生態(tài)制劑后的生長周期內(nèi)，最好不適用抗菌劑或消毒劑，再使用抗菌劑后，藥效期內(nèi)也不一使用微生態(tài)制劑。另外，在使用微生態(tài)制劑過程中還要注意其保質(zhì)期和在適宜的溫度下存放，使用前要進行預(yù)實驗，并在適宜微生物菌種生長的溫度下使用及不同作用的微生物應(yīng)交叉使用等。