EM菌種液滲入水體后，能抑制病原微生物和有害物質(zhì)，調(diào)整養(yǎng)殖生態(tài)環(huán)境，提高水中溶氧量，促進(jìn)養(yǎng)殖生態(tài)系中的正常菌群和有益藻類活化生長，保持養(yǎng)殖水體的生態(tài)平衡；拌入餌料投喂，直接增強魚類的吸收功能和防病抗逆能力，促進(jìn)健壯生長。 EM菌種液中的光合菌還能利用水中的硫化氫、有機酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亞硝酸銨，從而凈化養(yǎng)殖池中的排泄物和殘餌，改善水質(zhì)，減少魚病。主要作用為：  
1 ． 減少病原微生物和不良藻類；明顯增強養(yǎng)殖對象的免疫力和抗病性，提高成活率。用戶反映， EM菌種液可使蟹苗成活率提高近一倍，中華石斑魚成活率由 30 ％提高到 70 ％以上，更是多種蝦病的克星。  
2 ．浮游動物、有益藻類增多，特別是紅蟲明顯增多。  
3 ．穩(wěn)定和改善水質(zhì)，水體清爽，不臭不腐，無硫化氫、氨氣等異味，能見度在 25-50 厘米的時間長且穩(wěn)定，換水時間延長 2 倍。  
4 ．魚蝦糞、下腳料等不會變成淤泥而呈散沙狀。  

5 ．促進(jìn)生長，增重率明顯提高。同等環(huán)境下，用 EM菌種液可提前 10-15 天上市，平均畝產(chǎn)提高 20 ％～ 35 ％以上，產(chǎn)卵量增加 25 ％以上，產(chǎn)卵時間延長。